尽管近几年来，国内的微生物肥料企业都有了一定的发展，但还不同程度地存在着以下问题，其具体表现为：

　　其一、在工厂化生产中，普遍缺乏高效菌株，菌种资源缺乏，很多厂家的菌种都在利用同一个菌株，肥料品种单一，产生了一个菌种打天下的局面；另一方面，使用菌株不当也会带来安全隐患，一些厂家的生产菌种没有经过正规的鉴定就投入生产，也是一种不妥当的行为。

　　其二、生产设备陈旧。有许多生产厂是由已倒闭的小型酶制剂厂、味精厂、柠檬酸厂等改造而成的，其设备本身就效率低、能耗高，勉强生产，没有长远的发展计划。

　　其三、技术工艺落后。有些厂家认为只要有了微生物肥料菌种，有了相应的培养基就能够生产出微生物肥料，缺乏生产过程中的监控和检测手段，有的甚至还是小作坊式的生产方式。绝大多数生产企业本身不具备产品的技术创新能力，没有相应的研发人员，无法建立产品的质量保障体系。

　　其四、生产管理水平较低。许多生产厂家没有一套完整的、健全的管理制度，也就没有建立真正的服务体系，无法获得良好的经济效益。

　　其五、市场上鱼目混珠，假冒伪劣屡禁不止。这些年来，一些所谓微生物肥料或生态肥料，一度统领江湖。尽管主管部门三令五申，要求各地清理整顿微生物肥料市场，但由于涉及地方、部门甚至小团体的利益，一些假冒伪劣微生物肥料产品仍充斥市场，严重制约了微生物肥料产业的健康发展。

　　发展对策及建议

　　就我国目前微生物肥料行业所面临的问题，主要发展对策如下：　　首先，国家应加大对微生物肥料行业基础研究方面的投入。充分利用现有可开发资源，筛选并构建一批可开发利用的微生物菌株，明确其代谢产物，作用机理及作用条件，开发出多种新型的微生物肥料品种。

　　其次，加强微生物肥料的科研、科普、技术培训及推广应用工作。我国微生物肥料的生产应用已有几十年的历史，但除根瘤菌接种剂外，其它微生物肥料的作用机理并不十分明确。对微生物与植物之间的作用机理等方面都需要进行广泛的研究，才能科学地确定优良菌种和优质菌剂的技术指标，为生产优质菌肥提供理论依据。近年来，我国微生物肥料发展较快，一些企业质量意识不强，存在许多技术问题，国家应在加强对企业的质量监督检验的同时，积极开展技术培训和技术服务工作，使我国微生物肥料市场进一步规范，将有力地推动我国微生物肥料向产业化方向发展。

　　同时，还应建立完善的微生物肥料质量标准和管理体系。微生物肥料作为一种商品进入市场，必须接受质量监督和管理。农业部已颁布了微生物肥料产品质量标准，对微生物肥料的技术要求和检测方法提出了具体规定。微生物肥料质量管理工作刚刚起步，存在标准少、覆盖面小等问题，许多微生物肥料产品没有可依据的行业标准，或是只注重了产品活菌数量等表观指标，忽略了肥效指标等，需要不断地完善；同时，许多企业没有完善产品标准或没有产品质量检验人员和必需的检验设备，产品未经检验就出厂。质量监督部门应在建立完善的微生物肥料质量监督检测体系，建立新的检测标准和与国际接轨的先进的检测方法，提高对新产品、新剂型的监测反应能力。在规范微生物肥料市场，限制伪劣产品生产的同时，为微生物肥料生产企业创造优良的创业环境，有重点地扶持一些有条件的企业，让名优产品占领市场。

　　另外，集中功能菌剂生产，实现行业产业规模。目前，我国微生物肥料生产企业大多设备简陋、工艺不完善、质量意识不强。许多微生物肥料存在有效菌数含量低、保质期短等质量问题。微生物肥料的生产，主要可以分为菌剂生产和肥料复配两个阶段。合理的微生物肥料运行模式应该是：少数有技术优势和经济实力的企业生产系列化核心菌剂，供大量下游微生物肥料复配加工企业进行生产。这一模式可以保证核心菌剂的稳定生产，同时大大降低加盟企业的技术和资金门槛，有利于微生物肥料行业的整体健康发展。