我国的微生物肥料行业还处在起步阶段，很多的肥料生产企业还徘徊在幼稚发展阶段，没有完善的管理制度，生产技术还有待发展，没有明显的效益。现在，国家对农业生产资料有相应的免税政策，其中包括饲料、农膜、部分化学农药与部分化学肥料，对销售种子、种苗、农机、化肥、农药的销售商也有相应的免税政策，但这些都不包括微生物肥料行业与产品。与化肥行业、农药行业相比，微生物肥料行业还处在稚嫩的发展阶段，但是，它又与我国农业可持续发展战略息息相关，在有机食品生产方面有着不可替代的地位，是我国肥料行业发展的方向之一。为了促进微生物肥料行业的发展，建议国家在税收政策上给微生物肥料行业明显的政策倾斜，给予免收增值税的优惠政策。同时，国家应该加强菌种资源的管理，加大执法力度，完善检测体系，规范市场，保证微生物肥料的产品质量。另外，国家应该加大对微生物肥料基础研究的投入，收集更多宝贵的资源，对微生物肥料的作用机理进行更加深入彻底的研究，使我国的微生物肥料行业可以更好的发展。

　　据专家分析，到２０１０年，微生物肥料将占有１０％左右的份额，即年需求量在１４００万吨。随着人民生活水平的提高，社会需求的变化和科技的进步，微生物肥料的市场需求量也会越来越大。