建设一个100万吨/年的煤制油项目，每年需消耗500万吨煤、1000万吨水，还要配套建设上游煤矿、下游生产装置、物流系统、生产生活服务设施等，随着大型煤制油生产基地的建设，将会形成一个有10多万人口的城镇。每年50万吨煤制油废渣、2000万~3000万吨生产和生活污水以及大量含硫工业废气的排放如果不能得到妥善处置，将会给当地的生态环境带来相当严重的影响。如果那些生态平衡本来就已经相当脆弱的地区不顾及环境承载能力，大规模建设煤制油项目，将会直接影响当地经济社会平稳发展和生态环境保护。
　　

    六、煤的能源利用率问题。
　　

    煤与石油是国家同等重要的战略资源，虽然我国煤炭资源相对丰富，但作为一次性能源总有消耗殆尽的一天，应该提高煤的有效利用率，对我国的煤炭资源给予保护。根据美国国家标准局提供的热当量换算公式，石油与标准煤的热当量比为1∶1.4286，以此为依据进行测算，采用直接法煤制油工艺，煤的热能利用率为47.6%，而间接法的利用率仅为28.6%，即有71.4%的热能在煤制油的过程中消耗。因此我国在实施煤制油项目过程中，要充分考虑煤炭资源的有效利用问题，重点关注和推广直接法煤制油技术。
　　

    七、技术风险与金融风险问题。
　　

    建设一套百万吨级的煤制油装置，动辄投资数百亿元。煤制油是一项技术集成度很高的项目，国内没有运行中的工业化装置可以借鉴，直接法煤制油技术连国外也没有可借鉴的工业化装置。美国、日本、欧洲等国家和地区，虽然已掌握了煤制油的核心技术，但因缺少工业示范装置，并没有达到工业应用阶段，中国各地兴起的煤制油热潮，正好为这些国家验证煤制油技术的可行性提供了一个免费且可获得丰厚收益的平台。
　　

    八、煤制油的经济性问题。
　　

    以当前的油价和煤价进行比较，建设大规模的煤制油项目可以获得巨大的经济利益，这也是各产煤大省积极上马煤制油项目的根本原因。煤制油若是作为一项有限规模的战略补充是可行的，对国家来说也是有好处的。但如果想要作为一种行业来大力发展则没有太大前途。煤本身也是一种不可再生的资源，大量消耗煤会造成煤价的上涨，所以说煤制油从根本上来解决能源供给的意义并不是很大。
　　

    因此,纵观石油发展史不难看出，早在20世纪60~70年代，石油并不是一种紧缺的资源，国际市场上石油交易价格只有5美元/桶，那时在中东洗一辆汽车所花费的水钱比加满一箱汽油所用的油钱还要多。随着世界经济的发展，特别是发展中国家的迅速崛起，全球对石油的消费与日俱增。石油逐渐变成一种稀缺资源，价格与价值的差距也愈拉愈大。目前中东地区石油的生产成本不到5美元/桶，而市场价格已攀升到80美元/桶以上。如果中国不加节制地大量开采和消耗有限的煤炭资源，一旦煤炭成为一种稀缺资源时，煤价肯定会大幅上涨，煤制油的经济性也就不存在了。