2007年9月5日，国家发改委印发《关于促进玉米深加工业健康发展的指导意见》。为了督促该文件落实，10月中旬，国家发改委稽查办等部门组成了7个小组，奔赴8个重点省份，清查玉米深加工项目。在各地发改委配合下，对玉米深加工违规项目进行了彻底清查，对于不符合规定的项目进行了停建处理，对未违规的项目将加强管理。 这是继2006年12月18日，国家发改委、财政部联合下发《关于加强生物燃料乙醇项目建设管理》的通知，要求各地暂停核准和备案玉米加工乙醇项目，并对在建和拟建的项目进行全面清理后，对玉米深加工行业的又一次深度调控。而且，这次力度更大，涉及面更广。
中国发酵工业协会理事长石维忱表示，这是国家为了进一步保证粮食安全和饲料用粮所采取的必要措施，会对玉米深加工行业产生深远的影响。在吉林、黑龙江等玉米深加工发达的地区，这种影响更为明显。
吉林发改委工业处李处长对《中国投资》表示，目前已经批准的项目，由于当时都是符合国家规定的，只能从文件下发之日起，清理那些违规项目，但是目前尚未有确切统计数字。
新政核心：保障粮食供应
数据显示，2006年国内玉米消费量为1.34亿吨，比2005年增长5.5%；其中，饲用消费8400万吨，占消费总量的64.2%，比重呈下降趋势；深加工消耗玉米3589万吨，占消费总量的26.8%，比重呈增长之势。
国家发改委此次下发的《关于促进玉米深加工业健康发展的指导意见》(以下称《意见》)，其意图非常明显，主要是“保障国家食物安全“。规定将深加工用粮规模占玉米消费总量的比例控制在26%以内。玉米深加工行业由此迎来了产业结构调整的震荡期。
为达到上述26%的目标，《意见》提出“十一五”时期，对已经备案但尚未开工的拟建项目停止建设；原则上不再核准新建玉米深加工项目；加强对现有企业改扩建项目的审查。
对不同的玉米深加工产品给予了不同的待遇。淀粉与多元醇属于稳定发展的产品类，而对于燃料乙醇，与酒精、味精、柠檬酸等一样，在现有规模上不再建设新的项目和扩建。
这表明我国不再新增玉米生产燃料乙醇产能和项目，即只有现存的四家定点企业才能做粮食乙醇，而且产量受限。
《意见》提出建立进出口数量调节制度，各地区原则上要减少玉米出口，以保证国内供求平衡。建立灵活的玉米进出口数量调节制度，在保证国内玉米生产稳定的条件下，东南沿海玉米主销区在国际市场玉米价格较低时，可适当进口部分玉米，满足国内饲料加工业的需求。
《意见》还提出，将玉米深加工项目，列入限制类外商投资产业目录。对限制类外商投资产业，我国有严格的规定，因此外资难以进入玉米深加工行业。
中国发酵协会理事长石维忱表示，过去，玉米深加工的制成品，工业附加值从3到10倍不等，对增加农民收入有很大的作用。但是玉米的种植面积有限，单产上升幅度有限，所以玉米深加工的盲目扩张引起玉米供应紧张，引起了粮食部门的高度关注，这是此次新政出台的背景。
中国国际工程咨询公司石化轻纺业务部轻纺处处长乐有华也表示，主要是需求拉高了玉米价格，影响了养殖业。尽管中国饲料用玉米仍然占玉米消耗总量的近70%，但是这种消费具有刚性，只要玉米供应量量少一点，价格就狂涨。“当然，我们也可以进口玉米，尤其是南方省份在尝试进口玉米，但是近年来进口玉米也比过去困难，因为美国的玉米制乙醇发展很快，国际玉米价格上涨幅度较大。”
国家发改委的文件中，提到玉米深加工业面临的几大问题，除了影响饲料用粮以外，还有诸如污染和耗能这两个行业问题。
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