首先是等级结算的问题。GB1103和仪器化标准在质量指标设置上有很大差异，两个标准是完全不同的两个棉花质量评定体系。不同的质量评定体系，就有不同的结算体系。 需要指出的是，美棉检验是从感官检验自然过渡到仪器化检验的。虽然美棉的检验指标不断增加，但其结算体系中主要的品质指标一直没有变化。
而我国的情况不同于美国，两个完全不同的质量标准评定体系要有一个并行期。鉴于仪器化标准草案中规定的色特征级(包括色特征图)、轧工质量、外观等级等内容需要进行验证，目前不适用于结算。因此，在试点期间，为了方便试点加工企业销售棉花，我们在依据仪器化标准进行公证检验的同时，还按现行感官检验方法对试点企业生产的打包型棉花逐包进行了品级检验，并将品级检验结果体现在仪器化公证检验证书中，从而使仪器化检验的棉花能够按照品级、上半部平均长度(与手扯长度接近)、马克隆值等指标销售，使这些指标与GB1103规定的结算品质指标相衔接。
其次是重量结算问题。GB1103对棉花的品质和重量检验都作了规定，并规定我国棉花重量按标准含杂率、标准回潮率对净重扣补所得公定重量进行结算。鉴于此，有的企业认为试点加工企业生产的大包型棉花无法进行重量结算。
由于美棉检验对杂质是从质处理，即通过仪器检验确定棉花的叶屑等级和杂质面积百分比，并直接与价格挂钩。同时，美棉轧花时规定回潮率不得超过7.5%，并有相当多的棉花加工厂配备了籽棉烘干、皮棉调湿装置及其回潮率自动检测装置，棉包重量相对稳定，对价格的影响较小，净重结算也就顺理成章。而我国棉花一方面其杂质内容与美棉不同，不易从质处理，应从量处理；另一方面，加工皮棉调湿装置及其回潮率自动检测装置尚在开发完善之中，因此目前棉花贸易实行净重结算还存在一些问题。
第三是长度问题。影响棉花长度的因素很多，棉花品种、纤维长度分布、整齐度、短纤率含量等情况的不同，都会造成它们之间相关性的变化。但仪器化标准采用的上半部平均长度与GB1103标准采用的手扯尺量长度十分接近。通过中纤局和部分试点承检机构的在试点期间进行的比对实验结果看，两者结果互有高低，比较接近，但没有规律性。如果手扯长度与上半部平均长度相比，始终偏长或偏短，而且差异较大，那是不正常的。产生的原因可能有以下几方面：一是手扯长度的准确性。手扯长度毕竟是感官检验，其测试的准确性和重复性因人而异。二是样品的代表性。对于不同长度范围、不同长度均匀度、不同短纤含量即不同长度分布的棉样，各实验方法测量的长度值的相关性是有差异的。三是仪器测量方法也会存在机械误差、操作误差等，但其产生的误差要明显小于感官检验。
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