报告虽然肯定了生物燃料的作用：目前世界上还有超过16亿人得不到电力供应，约24亿人每天靠燃烧秸秆和牲畜粪便等解决燃料问题。用玉米、甘蔗等作物的提取物生产的生物能源将有助于改善上述居民的生活。但报告对生物燃料的推广表示担忧，报告援引环境学家的话说，生物燃料给环境带来的危害可能和石化燃料不相上下，甚至更严重。报告说，生物燃料的快速增长会使得食品和林木产品的需求迅速增加，这将给全球的土地和水资源带来极大的压力。同时，大面积单一作物的种植会破坏生物多样性，使得土地养分流失。这样一来，含碳丰富的土壤、森林和煤矿发生的变化可能会使人们过去在降低温室效应上的努力成果付诸东流。

　　此外，报告还指出，各国对生物燃料的投资还可能会引发新的环境和社会问题。由于很多生物燃料的生长都需要最好的土地，丰沛的水源和对环境有害的化学肥料，因此，为制造生物燃料，农作物种植用地和其他生产资源必将有所转变，而这种转变将会对食品生产供应造成很大威胁。研究发现，对棕榈油的需求目前正在迅速上涨，受此影响，亚洲东南部的热带雨林面积已经有削减的迹象。另外，粮食作物向燃料型作物的转移会使得食物价格不断上涨。最近，部分地区玉米和糖价的急剧飙升就是一个例证。

　　美国科学家最新的研究成果显示，作为目前应用最广泛的两种生物燃料，生物柴油和乙醇燃料尽管比化石燃料更加优越，但不可能满足社会的能源需求。研究人员发现，即使美国种植的所有玉米和大豆都用于生产生物能源，也只能分别满足全社会汽油需求的12%和柴油需求的6%。而玉米和大豆首先要满足粮食、饲料和其他经济需求，不可能都用来生产生物燃料。

　　对于生物燃料与原料间的矛盾，清华大学化学工程系教授刘德华在MIT能源论坛上毫不隐讳地说，在中国，生物燃料发展的障碍，我觉得最主要的还是原料，应当考虑怎样保证原料，怎样做好生物燃料发展与粮食之间的平衡。走非粮化道路，生物能源和生物材料可以建成规模宏大的“不与人争粮，不与粮争地，不与传统行业争利”的“三不”行业，成为解决我国“农业、能源、环境”难题的最佳切合点。

　　对于非粮化道路，美国谷物发展协会也认为，美国过剩24亿蒲式耳(1蒲式耳＝35.238升)的谷物，相当于可生产超过60亿加仑的乙醇，超过2006年计划生产的乙醇总量。据预测，美国谷物生产商到2015年将可生产150亿蒲式耳的谷物，这意味着至少可生产160亿加仑乙醇，超过美国燃料需求量的10%，并且仍可满足所有其他市场对谷物的需求。

　　发展生物燃料是一把难舞的双刃剑，联合国能源组织主席马茨·卡尔松说：“还有什么燃料比仅靠阳光，水再加上光合作用就能产生的燃料更容易获得呢？但是，当你真正想要指望它们的时候，你就会发现其实面临着很大的挑战。”