根据加入WTO议定书文件，中国化肥进口配额要逐步放开。其中，在中美协议中，磷酸二铵配额由加入WTO初期的540万吨／年增加到6年后的690万吨／年；尿素配额则以40万吨／年速度增长，从130万吨／年增长到330万吨／年。在中欧协议中，NPK复合肥进口配额从加入WTO初期的270万吨／年增加到9年后的399万吨／年。该议定书附件还规定，不迟于2006年底，中国要允许外国服务提供者从事化肥分销服务。 崔大沪分析说，2001年至2004年是中国加入WTO的前过渡期。在这4年中，中国对外开放的承诺比较容易解决，如降低关税已达到10％的水平，非关税壁垒配额问题解决得也很顺利，化肥配额水平每年都在提高，年均增长5％。今明两年是中国加入WTO的后过渡期，其特点主要是服务业将对外全面开放，不但化肥品种配额量会基本用足，国外化肥将更多进入国内市场，而且外国化肥经销、物流商将进入中国，对中国化肥销售、服务乃至生产经营都将带来重大影响和直接冲击。由于国产高浓度优质复合肥依然短缺，每年需大量进口，随着非关税壁垒取消，中国将成为世界上重要的复合肥市场。作为农化产业，中国化肥是微利行业，在进口高速增长压力下，国内化肥行业产销及利润增长必将回落。
尽管市场完全放开后，国内化肥企业将面临来自国内国外的双重压力，但也面临在全球范围内获取资源和拓展市场的大好机遇。因此，为应对加入WTO后过渡期带来的新挑战，国内化肥企业首先必须看清中国化肥行业的实际状况和与国外的差距。
中国目前的化肥年产能力已达4800万吨，单位面积化肥施用量已超过世界平均水平，但全行业的总体竞争力仍然很弱。从原料看，国际上以天然气为原料的氮肥占85％，中国氮肥原料以煤为主，天然气仅占20％；近年来，优质磷矿石大量出口和矿山无序开采，已影响到国内磷复肥企业的原料供应；目前，钾资源仍难以保证需求，供需缺口较大。从化肥产品结构1∶0．32∶0．01，与农业部门要求的1∶0．37∶0．25还有较大的差距。从技术水平看，中国化肥行业通过引进、消化、吸收以及自主开发，在科研、生产、设计等方面有了较大提高，但在科研投入和创新能力上，仍难以与国外先进水平相比，目前国内研发投入仅占销售收入的0．5％～1．0％，而发达国家一般在3％～10％。从化肥施用看，中国化肥复合化施用率约为30％，而发达国家已达50％以上。从企业结构看，构成不合理，产业集中度低，小化肥企业远远多于大中型化肥企业，占到了化肥企业总数的70％以上。
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