一是资源短缺的问题日趋突出。“十一五”期间，我国原油进口量将继续增长，对外依存度逐年提高。石油资源的长期性短缺，直接影响到以石油为原料的石化产业的健康发展。因此在制订和实施“十一五”规划中，只能采取适度偏紧的发展原则，不是需求多少就建设多少，而是要与获取资源的能力相匹配。

　　二是结构性矛盾依然存在。“十五”期间，我国石油和化学工业虽然在结构调整方面取得了一定成绩，但总体上看，经济发展仍然是以外延扩张为主，产品结构不合理仍然是当前存在的主要问题。一方面是企业规模小而散，集中度低，许多装置达不到经济规模。我国有炼油企业120多家，平均规模为年产261万吨，而2005年全球有炼油厂674家，原油加工能力41.2亿吨，平均规模达年产611万吨。另一方面是石油和化工产品在品种和质量上不适应市场快速变化的要求。主要表现在石油化工产品、有机化工产品和高档产品的比重过低，而高消耗、高污染、粗加工、低附加值产品的比重偏高，造成总量供大于求、生产能力过剩，而许多产品又大量进口的局面。

　　三是自主创新能力亟待提高。主要表现在原始科技创新能力及技术集成创新能力不足，工程化能力差，成套技术的开发能力比较弱，难以形成核心竞争力；基础性研究和共性技术开发工作薄弱，大部分产品的生产和技术装备与国际先进水平相比，要落后15至20年；科技成果转化率低；全行业科技力量的协调和科技资源的整合有待加强。

　　四是环境保护和安全生产任务艰巨。据统计，目前全行业年排放工业废水30多亿吨，占全国工业排放总量的16%，排在第一位，工业和废气的排放和工业固体废弃物的产生分别达到1.4万亿立方米、8400多万吨。这是我国石油和化学工业在高速增长的同时，所付出的沉重的生态和环境代价。